该篇日报由R·base创作生成，人工审核校对。

Cell：工程化拟杆菌传感器，无创监测肠道吸收不良

Cell——[42.5]

① 背景与设计：为开发非侵入性肠道环境监测工具，利用基因工程改造多形拟杆菌（B. thetaiotaomicron）开发了模块化合成生物学工具箱及渗透压生物传感器。② 核心发现与意义：构建了首个基于荧光的拟杆菌单细胞转录报告系统，实现了对小鼠肠道吸收不良引起的渗透压升高进行非侵入性、高灵敏度及可逆的实时监测。③ 基因电路构建：开发了TetR、LacI等小分子诱导的抑制型启动子库，并设计了“反相”报告电路，即天然启动子驱动阻遏蛋白表达从而抑制mGreenLantern荧光输出。④ 标志物筛选：体外及体内转录组学分析鉴定出opuA及BT0779启动子能特异性响应高渗透压环境，且不受pH波动或氧化应激干扰。⑤ 动态范围优化：引入DNA基TetR“分子海绵”系统隔离基线水平的阻遏蛋白，显著降低了背景噪音，使BT0779传感器的体外动态响应范围提升至16倍。⑥ 活体监测：在聚乙二醇诱导的吸收不良小鼠模型中，传感器能灵敏检测出粪便中亚临床水平的渗透压波动，信号强度较基线显著改变且随刺激撤除可逆恢复。

原文信息 ▼

A Bacteroides synthetic biology toolkit to build an in vivo malabsorption biosensor

2026-01-28 , doi: 10.1016/j.cell.2025.12.052

Nature：万人数据揭示，宿主基因变异如何塑造口腔菌群，影响牙齿健康？

Nature——[48.5]

① 研究背景与设计：为探究人类遗传变异如何塑造口腔微生物组，对SPARK队列12,519人的唾液全基因组测序数据进行了微生物组定量分析与宿主全基因组关联分析。② 总体发现与意义：人类遗传变异通过影响唾液成分、免疫识别及细菌粘附，塑造口腔微生物组的组成与细菌基因组变异，且这些宿主-微生物互作是龋齿等口腔疾病遗传易感性的潜在机制。③ 宿主基因位点：鉴定出AMY1、FUT2及PITX1等11个与微生物组成显著相关的位点，其中AMY1与FUT2变异对细菌群落结构的塑造作用最为显著。④ 淀粉酶与口腔健康：唾液淀粉酶AMY1拷贝数增加伴随42种细菌丰度改变并显著增加义齿使用风险，错义突变F141C与C477R呈现更强致病效应，且上述关联与BMI无显著相关性。⑤ 细菌基因适应：宿主遗传变异显著关联68个细菌基因组区域的拷贝数，如FUT2分泌者状态显著筛选了携带特定粘附素基因的细菌菌株，提示宿主驱动的微观进化。⑥ 互作模型：人类遗传变异通过提供酶解底物（AMY1）或调节粘蛋白糖基化（FUT2、ABO），直接筛选具备特定代谢或粘附能力的口腔细菌亚群从而调节定植。

原文信息 ▼

Human and bacterial genetic variation shape oral microbiomes and health

2026-01-28 , doi: 10.1038/s41586-025-10037-7

Nature：帕金森病由肠至脑，肠道巨噬细胞是关键"始作俑者"

Nature——[48.5]

① 背景与设计：为阐明帕金森病躯体始发模型中α-突触核蛋白（αS）病理的肠-脑传播机制，利用3KL转基因小鼠及人源αS原纤维肠肌层注射模型展开分析。② 核心发现：肠肌层巨噬细胞（ME-Macs）作为αS病理变化的早期细胞启动者，其通过吞噬和“加工”成为病理性αS的“种子库”，并诱导T细胞从肠道向大脑迁移，从而促进αS病理的肠-脑轴传播与神经退行性变。③ 巨噬细胞功能：αS病理模型中，ME-Macs吞噬磷酸化αS（pSer129-αS）后表现出溶酶体功能障碍及MHCII+表型；体外种子扩增试验表明，ME-Macs（而非肠神经元）中富集了具有病理活性的αS。④ T细胞迁移：αS病理伴随肠肌层CD4+ T细胞扩增；光转化追踪与T细胞受体测序证实，部分肠道T细胞克隆经由血液循环迁移至硬脑膜。⑤ 细胞间通讯：单细胞RNA测序提示ME-Macs通过TGFβ1信号与T细胞互作，特异性敲除巨噬细胞Tgfb1可抑制αS病理诱导的肠道T细胞扩增。⑥ 干预治疗效果：定向耗竭ME-Macs可减轻中枢αS病理传播，而使用Fingolimod阻断淋巴细胞迁出则缓解了神经退行性变，两者均改善了运动功能障碍。

原文信息 ▼

Intestinal macrophages modulate synucleinopathy along the gut–brain axis

2026-01-28 , doi: 10.1038/s41586-025-09984-y

Nat Med：免疫靶向治疗晚期肾癌，FMT助无进展生存期翻倍

Nature Medicine——[50]

① 背景与设计：针对初治转移性肾细胞癌患者，开展随机双盲IIa期临床试验（TACITO），评估供体粪菌移植（FMT）联合帕博利珠单抗与阿昔替尼的一线治疗效果。② 总体概述：尽管主要终点12个月无进展生存率未达统计学显著差异，但供体FMT显著延长了中位无进展生存期，并驱动了受体肠道菌群结构的深度重塑。③ 临床疗效：供体FMT组的12个月无进展生存率相较于安慰剂组呈现改善趋势（70% vs 41%）；供体FMT组的中位无进展生存期（24.0个月）较安慰剂组（9.0个月）显著延长，且客观缓解率更高（52% vs 32%）。④ 生态重塑：宏基因组测序证实供体菌株成功植入，导致受体α多样性显著增加，且伴随基线物种的广泛置换与丢失。⑤ 菌株特异性：供体Blautia wexlerae的定植与长期无进展生存期（>12个月）正相关，而Akkermansia massiliensis的定植及基线Ruminococcus bromii的丢失与较差预后相关。

原文信息 ▼

Fecal microbiota transplantation plus pembrolizumab and axitinib in metastatic renal cell carcinoma: the randomized phase 2 TACITO trial

2026-01-28 , doi: 10.1038/s41591-025-04189-2

Nat Med：肠道菌群的功能性定植，提高肾癌免疫治疗疗效、降低毒性

Nature Medicine——[50]

① 背景与设计：为解决免疫检查点抑制剂治疗转移性肾细胞癌的毒性瓶颈，对20例初治患者实施健康供体来源胶囊化粪菌移植联合免疫治疗的I期临床试验。② 核心发现：FMT联合疗法安全性良好，肠道菌群的功能性定植及特定代谢物丰度与减轻免疫相关不良事件及提升临床应答显著相关。③ 临床结局：未观察到FMT相关严重不良事件，总人群客观缓解率达50%，且应答者普遍未发生3级以上免疫相关毒性。④ 菌群特征：低毒性组表现出更高的微生物α多样性及短链脂肪酸产生菌（如普氏粪杆菌）的持久定植。⑤ 致病菌关联：供体来源的Segatella copri在受体肠道内富集且丰度超过10 CPM时，与双免疫治疗下的3级毒性及耐药显著相关。⑥ 多组学关联：低毒性患者维持了高水平的血浆皮质醇及维生素A，并伴随CD38+调节性T细胞的持续扩增及非经典单核细胞富集。⑦ 机制提示：功能性菌群定植可能通过重塑宿主代谢环境及维持免疫稳态，打破免疫治疗疗效与毒性的正相关性。

原文信息 ▼

Fecal microbiota transplantation plus immunotherapy in metastatic renal cell carcinoma: the phase 1 PERFORM trial

2026-01-28 , doi: 10.1038/s41591-025-04183-8

Nat Med：FMT增效癌症免疫治疗，清除有害土著菌比植入有益菌更关键

Nature Medicine——[50]

① 研究背景与设计：针对免疫治疗原发耐药难题，开展多中心2期试验，评估健康供体粪菌移植（FMT）联合一线抗PD-1或双免疫治疗在初治非小细胞肺癌及黑色素瘤患者中的疗效。② 核心发现概述：FMT显著提升了两种晚期实体瘤的客观缓解率，其治疗获益由清除患者基线有害菌群驱动，而非依赖供体菌株的定植。③ 临床疗效与安全：非小细胞肺癌组ORR达80%且耐受性良好；黑色素瘤组ORR为75%，但联合双免疫治疗导致65%的≥3级不良事件，且重度毒性特异性富集于接受普雷沃菌属丰富供体的患者。④ 菌群重塑特征：宏基因组测序证实，应答者的肠道菌群发生显著偏移，表现为基线Enterocloster citroniae、E. lavalensis、Clostridium innocuum等免疫治疗耐药相关的有害菌的深度清除，而非获得供体微生物特征。⑤ 因果机制验证：在抗生素预处理荷瘤小鼠中，移植应答者菌群后回补基线丢失的特定有害菌种，显著消除了免疫治疗的抗肿瘤活性。⑥ 免疫代谢关联：基线细菌清除伴随血浆色氨酸代谢物喹啉酸显著减少，并与循环CD8+ T细胞扩增及调节性T细胞减少显著相关。

原文信息 ▼

Fecal microbiota transplantation plus immunotherapy in non-small cell lung cancer and melanoma: the phase 2 FMT-LUMINate trial

2026-01-28 , doi: 10.1038/s41591-025-04186-5

山大姜新义/张玉霖等Cell子刊：工程菌导航，引导原位CAR巨噬细胞清除异质性脑瘤

Cell Host and Microbe——[18.7]

① 背景与设计：针对胶质母细胞瘤抗原异质性及免疫抑制微环境，构建了一种包含工程化益生菌（EcN）、仿病毒靶向纳米颗粒（VMTNs）及海藻酸盐水凝胶的免疫治疗平台。② 核心发现：该平台通过细菌分泌的双特异性衔接子与原位重编程的嵌合抗原受体（CAR）巨噬细胞协同，消除异质性肿瘤克隆，将冷肿瘤重塑为炎性微环境，并建立长效系统性免疫记忆，抑制小鼠术后复发。③ 工程菌定植与标记：工程化EcN选择性定植于缺氧肿瘤区，原位分泌双特异性衔接子ESRs，同步标记EGFRvIII和IL-13Rα2阳性肿瘤细胞。④ 原位重编程：VMTNs纳米颗粒将通用型CAR（uCAR）质粒精准递送至巨噬细胞，ESRs引导原位改造的巨噬细胞高效吞噬双靶点癌细胞，并驱动M2型巨噬细胞向促炎M1型极化。⑤ 抗肿瘤疗效：在术后模型中，该疗法显著抑制肿瘤复发并延长生存期，120天生存率达83%，伴随IFN-γ等促炎因子激增，且治疗效果依赖于肿瘤抗原的特异性表达。⑥ 免疫记忆确立：治疗诱导了强效的系统性免疫记忆，完全阻断对侧肿瘤再激发的生长，该保护效应依赖于脾脏及淋巴结中记忆性CD8+ T细胞的扩增。

原文信息 ▼

Engineered probiotics recruit CAR macrophages and establish immune memory to eradicate heterogeneous glioblastoma in mice

2026-01-27 , doi: 10.1016/j.chom.2025.12.014

上海药物所丁侃/廖文锋等NC：肠道细胞通过内吞途径吸收天然多糖

Nature Communications——[15.7]

① 背景与设计：针对天然多糖肠道吸收机制的争议，利用肠道细胞系、CLTCflox/flox 肠道特异性敲除及RAB5A、DNM1 全身敲除小鼠模型探究其转运途径。② 核心发现与意义：β-1,3-与α-1,4-连接多糖通过网格蛋白介导的内吞作用进入循环并积累于肝脏，阐明了生物活性多糖口服吸收的分子基础。③ 跨上皮转运：不同连接与电荷的多糖均能穿透 Caco-2 细胞单层并被内化，且转运过程无显著降解。④ 体内吸收验证：利用 99mTc 和 3H 标记证实，多糖以大分子原形进入大鼠及小鼠血浆，其吸收动态呈现浓度和时间依赖性。⑤ 内吞分子机制：多糖直接结合并募集网格蛋白重链 CLTC、动力蛋白 DNM1 和 Rab5 驱动囊泡内吞，缺失上述蛋白显著阻断体内外摄取。⑥ 受体与细胞归宿：膜受体 BMPR1A、CLEC7A 及 EGFR 决定特定构效多糖的识别摄取，内化后经内吞体、溶酶体、高尔基体及内质网进行胞内运输。

原文信息 ▼

1,3-and 1,4-linked polysaccharides uptake in intestinal cells relies on clathrin/dynamin 1/Rab5-dependent endocytosis

2026-01-26 , doi: 10.1038/s41467-026-68542-w

Lancet子刊：新型窄谱药CRS3123打破艰难梭菌复发僵局

The Lancet Infectious Diseases——[31]

① 背景与设计：针对艰难梭菌感染（CDI）标准疗法复发率高的问题，开展评估1型甲硫氨酰-tRNA连接酶（MetRS1）抑制剂CRS3123安全性与疗效的II期随机双盲对照试验。② 核心发现与意义：CRS3123在实现与万古霉素等效治愈率的同时显著降低复发率，其高度选择性及低全身吸收特性为预防CDI复发提供了新型窄谱精准干预方案。③ 作用机制与药代：通过竞争性排阻甲硫氨酸抑制MetRS1介导的蛋白合成，CRS3123迅速阻断毒素产生及孢子形成；药代动力学数据显示其具有极低系统生物利用度及高肠道局部浓度。④ 临床疗效评估：43例成人CDI患者随机接受CRS3123（200mg/400mg BID）或万古霉素治疗，三组在第12-15天治愈测试访视时的临床治愈率均达90%以上且无显著差异。⑤ 复发风险获益：CRS3123 200mg组及400mg组在第40天时的复发率分别为0%和7%，显著低于万古霉素组的23%，归因于其对肠道共生菌群的极小干扰。⑥ 安全性概况：治疗相关不良事件均为1-2级且以胃肠道反应为主，未观察到与药物相关的严重不良事件。

原文信息 ▼

Safety and efficacy of CRS3123 in adults with a primary episode or first recurrence of Clostridioides difficile infection: a phase 2, randomised, double-blind, multicentre, vancomycin-controlled study

2026-01-22 , doi: 10.1016/S1473-3099(25)00721-2

NC：纳米孔测序捕捉肠道菌群大规模细菌DNA衣壳化

Nature Communications——[15.7]

① 背景与设计：针对短读长测序难以解析复杂菌群中转导事件的局限，利用纳米孔测序对人粪便病毒样颗粒中的完整DNA分子进行深度分析并结合模型系统验证。② 核心发现与意义：细菌DNA衣壳化在肠道微生物组中普遍存在，揭示了广义转导、侧向转导及基因转移剂等多种机制共同驱动的庞大基因水平转移网络。③ 包装特征：完整读长测序显示DNA片段呈现与特定衣壳容量一致的离散峰，成功区分了噬菌体基因组与宿主来源的转导DNA及随机包装片段。④ 机制分布：拟杆菌属中存在前噬菌体驱动的侧向转导，而颤螺菌科和瘤胃球菌科主要表现为随机包装宿主DNA的GTA样活性。⑤ 新型元件鉴定：结合蛋白质组学与电镜观察，在普氏粪杆菌中鉴定出首个Podovirus样形态的基因转移剂FpGTA，其包装约9 kb的基因组片段。⑥ 基因流动：证实衣壳介导的DNA动员是肠道生态系统中基因流动的关键且活跃的途径，可能促进了细菌的适应性进化与基因组可塑性。

原文信息 ▼

Large-scale capsid-mediated mobilisation of bacterial genomic DNA in the gut microbiome

2026-01-27 , doi: 10.1038/s41467-026-68726-4

酶解糖萼屏障恢复CAR-T对结直肠癌的杀伤

Advanced Science——[14.1]

① 背景与设计：针对抗CEACAM5 CAR-T疗法在结直肠癌中疗效有限的机制，利用超分辨成像及钙流分析探究肿瘤微环境中的物理屏障。② 核心发现：结直肠癌细胞通过显著增厚的糖萼及抗原在细胞间连接处的隐匿构建物理屏障，阻碍CAR-T细胞识别，酶解重塑微环境可恢复疗效。③ 物理屏障特征：超分辨显微镜证实，结直肠癌细胞糖萼厚度（~400 nm）约为CAR-T细胞的4倍，且随着培养时间延长，CEACAM5抗原逐渐被隔离于细胞间连接处。④ 功能受损表现：物理屏障的阻隔导致CAR-T细胞与肿瘤接触时产生非持续性的振荡Ca2+信号，并伴随细胞毒性及TNF-α分泌能力的显著下降。⑤ 酶解干预机制：利用胰蛋白酶或透明质酸酶降解糖萼并破坏细胞间连接，成功暴露了隐匿抗原，使CAR-T细胞恢复持续性激活信号与杀伤功能。⑥ 临床组织验证：在人结直肠癌患者组织样本中证实CEACAM5处于高度隐蔽状态，而透明质酸酶处理能显著提升其对CAR-T细胞的可及性。

原文信息 ▼

Enzymatic Remodelling of Tumour Microenvironment Enhances Anti-CEACAM5 CAR T-Cell Efficacy Against Colorectal Cancer

2026-01-22 , doi: 10.1002/advs.202509762

年轻菌群唤醒衰老肠干细胞

Stem Cell Reports——[5.1]

① 背景与设计：针对肠道干细胞（ISC）衰老机制不详的问题，利用异时性粪便菌群移植及 Lgr5eGFP-IRES-CreERT2 示踪模型探究微生物组对 ISC 再生能力的影响。② 核心发现与意义：衰老伴随的菌群失调通过削弱 Ascl2 介导的 Wnt 信号导致 ISC 功能减退，而年轻菌群移植显著增强老年肠上皮再生，为干预组织衰老提供了微生态视角。③ 菌群对 Wnt 信号的调节：抗生素介导的菌群耗竭显著下调肠隐窝中 Lgr5、Olfm4 及 Ascl2 表达，并导致小鼠在 10+10 Gy 辐照挑战后的再生肠隐窝深度显著降低。④ 异时性移植表型：年轻菌群移植（YA）显著提升老年受体 ISC 的分裂指数及 Ascl2 表达，并增加 Paneth 细胞分泌 Wnt3 的水平从而强化生态位支持。⑤ 关键致病菌鉴定：老年鼠中富集的嗜黏蛋白阿克曼氏菌与 Wnt 信号减弱显著相关，口服干预证实其显著降低老年 ISC 的 BrdU 谱系迁移距离。

原文信息 ▼

Microbiota from young mice restore the function of aged ISCs

2026-01-22 , doi: 10.1016/j.stemcr.2025.102788